福州经济技术开发区于1985年1月经国务院批准成立，是全国首批14个经济技术开发区之一。福州经济技术开发区集国家级高新区、福州新区核心区、台商投资区、保税区、出口加工区为一体；拥有国家新型工业化产业示范基地（电子信息·物联网）、国家生态工业示范园区、国家自主创新示范区、国家级生态区、国家显示器件产业园、国家科技兴贸出口创新基地和福建省服务外包产业园等称号。三十多年的发展，开发区引培并举，吸引了包括理光、爱普生、日立、太古等10余家全球500强企业，以及中华映管、统一集团、顶新国际、永丰余纸业等台湾百大企业在区投资兴业。培育了18家企业在国内主板、香港、德国、新加坡等地上市，三鑫隆、慧翰、创高安防等17家企业在新三板上市。
1993年1月1日起，福州经济技术开发区和福州市马尾区两区合一，实行两块牌子、一套行政机构。
2014年12月12日，国务院批准成立福建自由贸易试验区，其中，福州经济技术开发区23平方公里纳入福建自由贸易试验区福州片区总规划范围，肩负着建立符合国际惯例的投资贸易管理新体制，加快形成更高水平的对外开放新格局、拓展与“海丝”沿线国家和地区的投资贸易交流合作、创新两岸合作机制，打造两岸共同参与国际合作竞争的新平台的重要使命。
2015年8月30日，国务院批准成立福州新区，福州经济技术开发区作为福州新区的核心区，开发和建设上升为国家战略，将建成两岸交流合作重要承载区，扩大对外开放重要门户、东南沿海重要现代产业基地、改革创新示范区和生态文明先行区。
目前，福州开发区是自贸试验区、福州新区、海丝核心区、生态文明先行示范区、自主创新示范区等多个国家战略层面政策叠加的重要区域。未来，福州经济技术开发区将强化两岸在高新产业、服务贸易、海洋经济以及21世纪海上丝绸之路方面的建设合作，加强两岸金融业务创新，同时依托“两马”交流、船政文化等对台人文交流优势，促进两岸旅游、人文深度融合，重点建设两岸高新产业合作基地、“海丝”合作前沿平台，以及两岸现代服务业和金融创新合作试验区。
